با فرا رسیدن قرن چهاردهم مشکلات کلیسا افزایش یافت و بحرانهای جدیدی در سازمان آن بوجود آمد . کلیسا در سراسر قرن چهاردهم گرفتار شکست و انحطاط سیاسی و اخلاقی بود.
در سال 1296 فیلیپ پادشاه فرانسه برای جنگ با انگلستان به منابع مالی نیاز داشت و کوشش کرد تا آنرا از طریق کمک مالی روحانیان واسقفان فرانسوی که منابع مالی سرشاری در اختیار داشتند تأمین کند. پاپ به او گوشزد کرد که هرگونه مداخله قدرتهای دنیوی در امور کلیسا و مرجعیت روحانی توجیه شرعی ندارد.
پس از مدتی فیلیپ وسایلی برانگیخت تا یکنفر فرانسوی بعنوان پاپ برگزیده شود. آنگاه او را بر آن داشت تا مقر خود را از رم به شهر آوینیون در جنوب فرانسه منتقل کند. پاپها مدت شصت و هشت سال چنان آشکارا وسیله مطامع و زندانی شاهان فرانسه بودند که احترام و درآمدشان از سایر ممالک اروپا بشدت کاهش یافت. پاپها بر اثر این رویدادها برای جبران کسری درآمد خود، مالیاتهایی را که برای مناصب کلیسایی و صومعه ها وضع شده بود مضاعف ساختند و خزانه خود را پرنمودند.
در این هنگام هرکس به مقامی کلیسایی منصوب میشد ملزم بود که در سال اول تمام درآمد حوزه خود را و در سالهای بعد یک دهم آنرا به دربار پاپ یعنی دستگاه اداری پاپ بفرستد. هر اسقف اعظم جدیدی برای تحویل گرفتن نشان اسقفی میبایست مبلغ هنگفتی به پاپ بپردازد.
پاپها چنان حیثیت خود را از دست داده بودند که در آلمان امیرانی که در انتخاب امپراطور حق رأی داشتند از دخالت آنها در امر انتخاب سلاطین و یا امپراطور سرباز زدند. در سال 1372 رؤسای دیرهای کولونی اعلام داشتند که کلیسای رم چنان بی اعتبار شده است که آیین کاتولیک در این مناطق به خطر افتاده است.
هنگامیکه پاپ اوربانوس پنجم دو سفیر به میلان فرستاد تا حکم تکفیر یکی از نجبای متمرد را به وی ابلاغ کنند آن نجیب زاده متمرد آنها را به خوردن توقیعهای پاپ مشتمل بر پارچه و نخ ابریشمی ومهرهای سربی مجبور کرد. در سال 1376 دولت فلورانس که با پاپ گرگوریوس یازدهم منازعه داشت تمام املاک و داریی کلیسا را در آن ناحیه ضبط کرد،محکمه های کلیسایی را بست و ساختمان دستگاه تفتیش افکار را ویران ساخت.
معلوم شد که پاپهای آوینیون بخاطر سرسپردگی به فرانسه دارند اروپا را از دست میدهند.از اینرو پاپ گرگوریوس یازدهم در سال 1377 بار دیگر مقر پاپها را از آوینیون به رم انتقال داد. هنگامیکه گرگوریوس در گذشت(1378) ، شورایی مرکب از کاردینالها با آنکه اکثر آنها فرانسوی بودند از ترس توده مردم رم یکنفر ایتالیایی را بنام اوربانوس ششم به پاپی انتخاب کردند.
اوربانوس مردی خشن و انعطاف ناپذیر بود. او چنان از خود سرسختی و تند مزاجی نشان داد و بر اصلاحاتی که با طبع زعمای دستگاه ناسازگار بود پافشاری کرد که کاردینالها بار دیگر به شور نشستند و انتخاب وی را به عذر اینکه در شرایط نامساعد و تحت فشار صورت گرفته است باطل اعلام داشتند. آنها بجای اوربانوس، روبر ژنوی را بعنوان پاپ معرفی کردند. روبر با لقب کلمنس هفتم در آوینیون بر مسند پاپی نشست . این در حالی بود که اوربانوس در رم همچنان خود را پاپ میدانست. شکافی که به این ترتیب در دستگاه کلیسا ایجاد شده بود نتیجه رشد و نیرومند شدن حکومتهای کوچک ملی بود.
دولتهای ناپل،اسپانیا و اسکاتلند به تبعیت از فرانسه کلمنس را بطور رسمی پاپ شناختند اما انگلستان، آلمان، لهستان، مجارستان و ایتالیا اوربانوس را پاپ حقیقی دانستند . بدین ترتیب کلیسا به آلت دست دو نیروی متخاصم تبدیل شد. نیمی از دنیای مسیحی،نیمی دیگر را ملحد و کافر میدانست. مرگ اوربانوس (1389) نیز مشکل را حل نکرد. پس از اوربانوس تعدادی از کاردینالهای طرفدار وی ، بونیفاکیوس نهم، سپس اینوکنیتوس هفتم و پس از آن گرگوریوس دوازدهم را به پاپی برداشتند. هنگامی که کلمنس هفتم نیز درگذشت (1394) کاردینالهای آوینیون نخست کشیشی اسپانیایی را برگزیدندتا بنام بندیکتوس سیزدهم پاپ شود.
مشکل وجود بیش از یک پاپ همچنان حل نشده باقی ماند. برای حل مشکل به شورایی کلیسایی نیاز بود که خود را برتر از پاپ بداند و بتواند قدرت عزل و نصب پاپ را داشته باشد.
درنهایت برای حل مشکل مسندپاپی شورایی روحانی در پیزا متشکل از روحانیون بلند پایه درسال (1409) تشکیل شد . این شورا هر دو پاپ را معزول کرد و پاپ جدیدی بنام پاپ الکساندر پنجم را به پاپی برگزید. اینک به عوض دوپاپ، سه پاپ وجودداشت.
این نزاع تا سال 1417 همچنان ادامه داشت تا اینکه با پاپ شدن مارتینوس پنجم توسط شورای کلیسایی این موضوع فیصله یافت.
Https://telegram.me/andishehroshanma